Real time PCR (kinetická PCR) umožňuje sledovat probíhající PCR již během probíhající amplifikace vzorku ("v reálném čase") v cycleru. Klasickým zařízením tohoto typu je Light cycler Roche. PCR v něm probíhá stejně jako v klasickém cycleru periodickými změnami teploty, navíc je při každém cyklu fluorescenčně měřen aktuální obsah DNA. Elektroforéza po skončené PCR tak odpadá. V amplifikční směsi v kyvetách musí být kromě běžných složek i vhodný fluorescenční systém. Je to např. barvivo SYBR Green, které fluoreskuje ve spojení s dsDNA a ozřejmuje tak přítomnost amplikonů v kyvetě. Místo SYBR Green lze použít i vícebarevné sondy TaqMan, které umožňují rozpoznat nejen zda se něco amplifikuje, ale i co se amplifikuje a tak v rámci multiplex-PCR identifikovat původce.