Genový čip se zatím v rutinní mikrobiologické diagnostice neuplatňuje. Obsahuje mnoho různých záchytných sond na společné podložce. Slouží k analýze již amplifikovaného vzorku. Čipy s menší hustotou políček si výzkumné laboratoře připravují samy zařízením na principu mikromanipulátoru. Tzv. vysokodenzitní čipy obsahují až statisíce pravidelně uspořádaných políček, každé s jiným svazkem sond. Tyto čipy se vyrábějí fotolitograficky, podobně jako např. počítačové mikroprocesory. 

Při použití se na povrchu čipu na záchytných sondách zachycují (hybridizují) zkoumané fluorescenčně značené amplikony. Následuje promytí, které z povrchu čipu odstraní nespecificky lpící amplikony. Pak je čip ve speciálním čtecím zařízení osvícen (uv) a políčka se zachycenými amplikony zde fluoreskují. 

U vysokodenzitních čipů se jednotlivá políčka osazují soubory sond s jen nepatrnými rozdíly, např. jen v jedné bázi. Využívají se k tzv. analýze shody: Neprokazuje se pouhá přítomnost amplikonu, ale jeho shoda s ideální sekvencí bazí (resp.hledá se mutace genu). Vazba amplikonů je zde na jednotlivých políčcích různě dokonalá - na některých políčcích amplikony "špatně drží". Nedokonale hybridizované amplikony pak lze přiměřeným násilím - tzv. řízeným promýváním - od čipu odtrhnout. Statistickým porovnáváním intenzity fluorescence políček pak lze pomocí počítače vypočíst místa mutací vyšetřovaného amplikonu. (U konstrukčně odlišných čipů je řízené promývání nahrazeno řízenými změnami elektrického napětí povrchu čipu - Nanogen.)

Vysokodenzitní technologie se podle předpokladů investorů má uplatnit při levné a automatizované analýze citlivých míst lidského genomu v rámci masové prevence geneticky podmíněných chorob.

Obraz úseku laserem skenovaného čipu (umělé barvy, viz stupnice nahoře). Čím je místo červenější, tím méně amplikonů bylo při tzv. řízeném promývání odplaveno a tím vyšší je jejich shoda se sondou. Amplikony jsou konjugovány s fluorescenčním barvivem. (Rám obrázku možno myší užitečně roztáhnout.)