Každý pracovník na mikrobiologickém pracovišti musí velmi pečlivě dbát zásady, že i když nepracuje s patogenními kmeny mikroorganismů, musí bezpodmínečně dodržovat bezpečnostní předpisy jako při práci s patogeny. Je to naprosto nezbytné, neboť si stále musí být vědom dvou základních skutečností:

•  Při jakémkoliv způsobu kultivace dochází k pomnožení mikroorganismů z jedné buňky na miliardové hodnoty, které jsou obvykle koncentrovány do velmi malých objemů kultivačního média (l ml běžné bujonové kultury 24 h staré obsahuje průměrně 10⁹ buněk!). Tyto koncentrace buněk mikroorganismů mnohonásobně převyšují takzvané minimální infekční dávky, které jsou u zdravého jedince schopné vyvolat příslušné onemocnění.
• I mezi nepatogenními mikroorganismy se mohou za určitých okolností vyskytovat formy nebo mutanty, které se mohou chovat jako potenciálně či striktně patogenní kmeny. 
• Nejčastější způsoby infikování pracovníků jsou především:
   

•  nedodržování potřebné úrovně osobní hygieny;
•  inhalace aerosolu mikroorganismů;
•  nedbalá asanace rozbitých nebo rozlitých kultur na pracovišti;
•  neodborná likvidace pomnožených kultur při mytí laboratorního skla;
•  proniknutí pomnožené kultury do drobných povrchových zranění pokožky či do očí.
  

Proto je nutné klást vysoké požadavky na dodržování pracovní kázně a pracovního řádu na celém mikrobiologickém pracovišti a řídit se následujícími pravidly bezpečnosti práce:

1) V pracovním prostoru celého mikrobiologického pracoviště je třeba dodržovat úzkostlivou čistotu a pořádek. Úklid se provádí denně, ihned po skončení odborné činnosti na pracovišti. (Provádí laborantky.) 

2) Stejně tak je třeba na celém pracovišti, zejména však v laboratoři, udržovat vzorný pořádek. Jakékoliv předměty, které úzce nesouvisí s pracovní činností, do laboratoře ani ostatních prostor mikrobiologického pracoviště nepatří. Při denní očistě pracoviště, nebo při jakémkoliv druhu havárie (rozbití kultivačních nádob a podobně) jsou zdrojem zbytečných komplikací.

3) Je nutno zabránit vzniku aerosolů.K nebezpečné tvorbě aerosolů může však docházet i při práci s běžnými bakteriálními kulturami. Je to obvykle v případech, které při povrchním pozorování se mohou zdát zcela banální, a tudíž zanedbatelné. Jsou to např: - špatně zlikvidovaná rozbitá Petriho miska či zkumavka s kulturou. Při pádu na zem dochází k roztříknutí infekčního materiálu do ovzduší - nezodpovědný způsob vypalování bakteriologické kličky-dochází k "rozprsknutí" kultury - neopatrné přelévání kultury v tekutém médiu spojené s rozstřikováním kapek do okolí či praskáním bublin.

4) Pracovníci na mikrobiologickém pracovišti musí používat čistý pracovní oblek, prádlo a obuv. Pracovní plášť musí mít dlouhé rukávy, které se dají v zápěstí pevně sepnout. Musí zcela pokrývat prádlo pracovníka. Plášť musí být vyroben z materiálu, který snese vyváření, eventuálně sterilizaci. Proto jsou zcela nevhodné pláště ze syntetických vláken. Pracovní oděv je určen pouze pro práci na pracovišti. Zásadně není dovoleno používat ho i mimo mikrobiologické pracoviště (odcházet na pracovní porady, nákupy,oběd apod.)

5) Dlouhé vlasy musí mít pracovníci pevně svázány nebo překryty speciální pokrývkou hlavy.

6) Před započetím práce, a zejména po ukončení, je nutné si důkladně umýt ruce. Totéž platí i při přerušení práce (odchod na toaletu, oběd, pracovní poradu atd.). Proto je nutné, aby na mikrobiologickém pracovišti byla stále k dispozici nádobka s vhodným dezinfekčním roztokem. Praktické k tomuto účelu jsou láhve z plastu uzavřené tryskou. Při jejich použití se zmačknutím láhve vystříkne cca až 10 ml roztoku, kterým se ruce ošetří. Etanol není k těmto účelům vhodný.

7) Z výše uvedených důvodů je rovněž bezpodmínečně nutné před zahájením práce odložit veškeré šperky, kterými jsou ozdobeny ruce pracovníka (prsteny, náramky, hodinky). Jednak zabraňují na styčných plochách s rukou účinné dezinfekci, jednak se mohou dezinfekčním roztokem znehodnotit.

8) Nehty na rukou mikrobiologa musí být trvale krátce ostříhány, aby se pod nimi co nejvíce zabránilo ulpívání infekčního materiálu.

9) V celém prostoru mikrobiologického pracoviště, kromě vyhraženého prostoru, je přísně zakázáno jíst, pít, kouřit a jakkoliv manipulovat s potravinami (ukládání do chladniček, mrazících boxů, příprava jídel apod.).

10) V případě, že došlo k potřísnění pracovního stolu, podlahy, apod. materiálem obsahujícím mikroorgansimy (rozbití kultivační nádoby, vylití kultury apod.), je nutné celou znečištěnou plochu důkladně asanovat. Při tom je pracovník povinen pracovat v gumových ochranných rukavicích. Nejprve se kapalina či agarové médium převrství účinným dezinfekčním roztokem, který se nechá cca 15 minut působit. Při tom je třeba pamatovat na skutečnost, že se může kultivační médium roztříknout do většího prostoru, než je pouze znečištěná plocha. Potom se kapalina setře chomáčem vaty nebo se vysaje do filtračního papíru. Obojí je nutno buď okamžitě spálit nebo vysterilizovat v autoklávu. Teprve po tomto úkonu je možno znečištěnou plochu dokonale umýt běžným způsobem. Z těchto důvodů při provádění mikrobiologických rozborů je nutné, aby na pracovním stole byly rozmístěny pouze předměty, které jsou k této činnosti nezbytně potřebné. Ostatní musí být před zahájemí prací odstraněny a uklizeny. Pracovní oděv znečištěný kontaminovaným materiálem (kulturou) je nutno ihned svléci a nechat vysterilizovat, zejména tehdy, má-li pracovník podezření, že se jedná o patogenní organismy.

11) Odkládání pracovních nástrojů nebo pomůcek, zátek atd., které mohou být znečištěny živými mikroorganismy, přímo na pracovní plochu či její bezprostřední okolí je hrubým porušením pracovního řádu a bezpečnosti práce. Veškeré pracovní pomůcky je třeba ihned po jejich použití ještě během pracovního procesu náležitě dezinfikovat či sterilizovat. Živými mikroorgansimy kontaminované očkovací kličky, jehly, pinzety apod. se po každém pracovním úkonu sterilizují v plameni. Klička či jehla znečištěná kulturou mikroorganismů se nejprve vkládá do studené části plamene, kde se materiál vysuší. Tím se zabrání eventuálnímu "rozprsknutí" zahřívaného materiálu do okolí, který v případě většího množství nemusí být ještě ve středních partiích dokonale vysterilizován. Teprve potom se klička či jehla vyžíhá v horké části plamene. Pinzety se pouze několikrát protahují horkou částí plamene. Pipety, Drigalskiho tyčinky apod. se ihned po pracovním úkonu odkládají do válce naplněného dezinfekčním roztokem, na jehož dno se doporučuje ponořit vrstvu vaty nebo podobného materiálu. Tím se zabraňuje jejich mechanickému poškození. Podobně se dezinfikují i mikroskopická sklíčka použitá k přípravě nativních preparátů. Před vložením do dezinfekčního roztoku je nutno pinzetou sejmout z podložního sklíčka sklíčko krycí. Výhodné je ukládat každý druh sklíčka do samostatné nádoby. Vatové zátky, pokud je to bezpodmínečně nutné, se odkládají do sterilních Petriho misek nebo kousku sterilní alobalové folie a to pouze na dobu nutnou k provedení daného dílčího pracovního úkonu.

12) Likvidaci použitých kultivačních médií s pomnoženými kulturami mikroorganismů je přípustné provádět pouze až po jejich vysterilizování v autoklávu při 121^oC po dobu nejméně 30 min (dle objemu). Teprve potom je možné manuálně odstranit zbytky kultivačních médií. K tomuto účelu je třeba používat samostatný autokláv, který je umístěn v umývárně. Je krajně nevhodné používat k likvidaci použitých médií stejný autokláv, jako k přípravě kultivačních médií.

13) Obsluhu autoklávu může provádět pouze vyškolený pracovník, který se musí řídit příslušným provozním řádem.

14) Jakoukoliv nehodu je každý pracovník povinen ohlásit vedoucímu mikrobiologického pracoviště (asistentovi), který pak vydá příkaz k dalšímu postupu. Stejně tak je povinen se zachovat každý pracovník, který má jakékoliv pochybnosti související s bezpečností práce.